宣德年间(1426—1435年)知府赖瑛建藏书阁,购经史诸书藏之,以便诸生诵读。都督同知沐昂建文昌阁。
正统八年(1443年)知府徐文振见学宫多处已坏,意欲重修,因财力不足,便与同知刘海、通判彭善道、建水知州潘晋,还有临安卫指挥万僖、王玑、孙友等相商,皆捐俸购材鸠工重修之。工程延续了一些时日,所筹资金用完,适逢云南按擦司副使、金陵人姜竣巡察至临安,也捐俸助修。又逾年,明伦堂、四斋房、大成殿及两庑、戦门、棂星门、杏坛,次第修缮完好,规模焕然一新。这是自元代始建至此160年后较大的一次重修。
天顺六年(约1462年),知府网佐、同知刘文、知州徐景云、临安卫指挥万僖、镇抚柴庸等,重建杏坛、射圃。王佐将所得孔圣弦诵遗像图刻石,置杏坛内,供人瞻仰。
成化三年(1467年),知府周瑛、同知白伦、通判林定、推官刘埙等兴工开凿泮池,下湬以石,上乘以桥,历时一年落成。
成化十五年(1479年),副使何纯、知府薛昌重修学宫。棂星门外为民居所富,何纯购下地皮,将民居迁出。
弘治八年(1495年),云南按察副使李孟晊、知府王济重修庙学,不数月而成,大成殿、明伦堂宏丽有加。
弘治九年(1496年),副使李孟晊、知府陈盛重修藏书阁,改名尊经阁,置乐器。
弘治十二年(1499年)副使王一言、知府王资良拓修文庙,“恢拓方正,而大施修缮,务极宏状,亘其四周,树木内外,巍然焕然,倍徒旧规,甲于列郡。”并浚泮池,广二十亩。同知马谦建射圃、观德亭。
嘉靖五年(1526年),副使戴书重建景贤祠,“于祠前广易其地,作前后讲堂者二,环以书房,总四十间”,题额曰“寄贤书院”,讲堂一题额“聚奎”,另一题“丽泽”。嘉靖九年(1530年),副使戴书继建启圣祠,并置经籍雅乐,郡人徐澜厘正之。
嘉靖十三年(1534年),知府姜恩、知州沈常学、教授赵维贤奉诏建乡贤之祠,上状于布政司右使袁傧、督学陈焕等,首祀张隆、邢干、张文宗、田容四人,建祠后就,称四贤祠。
嘉靖二十年(1541年),副书记蒋宗鲁建名宦祠,将四贤祠改为乡贤祠。
万历三年(1575年),知府昌应时建文星阁、云路坊于泮池南,题额“滇南邹鲁”。
万历九年(1581年),知府甘一骥继修两庑。
万历二十七年(1599年),知府张守刚修两庑。
万历四十六年(1618年),知府林裕肠于泮池内小岛上建思乐亭,有堤和石板桥与池畔林荫道相连。
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